ในสมัยแรก วัดมีพระภิกษุอยู่จำพรรษา ประมาณ ๔ - ๕ รูป มีกุฏิ ๒ หลัง และสร้างเพิ่มขึ้นอีก ๔ หลังรวมเป็น ๖ หลัง ต่อมาปี พ.ศ. ๒๔๙๐ กุฏิไฟไหม้ ๒ หลัง พังไปตามสภาพ ๒ หลัง ในสมัยพระอาจารย์สมร เจ้าอาวาสรูปที่ ๖ ได้สร้างเพิ่มขึ้นอีก ๔ หลัง รวมเป็น ๖ หลังเท่าเดิม เนื่องจากวัดทองบนตั้งอยู่ริมแม่น้ำเจ้าพระยาจึงเกิดน้ำท่วมตลอดทั้งปี อาคารเสนาสนะต่าง ๆ ชำรุดทรุดโทรมมาก ในสมัยพระมหารส รกฺขิตธมฺโม เจ้าอาวาสรูปที่ ๗ ได้พัฒนาวัดอย่างต่อเนื่องเรื่อยมา ปัจจุบันวัดทองบนได้รับประกาศแต่งตั้ง จากมหาเถรสมาคม อนุมัติจัดตั้งสำนักเรียนวัดทองบน เมื่อวันที่ ๑๔ ธันวาคม ๒๕๖๕ และสำนักปฏิบัติธรรมประจำจังหวัดกรุงเทพมหานคร แห่งที่ ๖๘ โดยใช้ศาลาอเนกประสงค์ขนาดใหญ่ ๒ ชั้น เป็นที่เรียนนักธรรมและบาลีของพระภิกษุ สามเณรและปฏิบัติธรรมของพุทธศาสนิกชน